陳舊動物皮張的古DNA提取方法比較研究。A：對比實驗方案設計；B：總DNA量、動物的研內源DNA含量、學研克隆率、究陳舊動究內源DNA片段質量等結果的物皮對比
（神秘的地球uux.cn報道）據中國科學院古脊椎動物與古人類研究所：5月18日，《動物學研究》（ZOOLOGICAL RESEARCH，比較中科院動物學一區Top期刊）發表了中國科學院古脊椎動物與古人類研究所分子古生物學實驗室付巧妹研究團隊主導，動物的研與云南大學、學研新疆文物考古研究所、究陳舊動究大理大學、物皮德國Leibniz Institute for Primate Research、比較越南Wildlife Consultant，Cuc Phuong Commune等單位共同合作完成題名為“陳舊動物皮張的古DNA提取方法比較的研究”的研究成果。
眾所周知，保存在博物館中的動物標本通常是干制皮張標本，由于年代久遠，這些樣品中的DNA極易降解成短片段（50～100bp），陳舊皮張中DNA的含量和質量均遠低于新鮮材料，并且包含許多來自于環境的污染，故無法以常規的DNA實驗方法進行提取和測序。此外，為了有效保存，很多皮張樣品經過特殊鞣制處理，這也會極大地影響DNA的保存含量與質量。然而，對于一些珍稀保護動物甚至已滅絕動物來說，保存在博物館里的標本可能是現在唯一能夠獲得并能開展遺傳學研究的生物學材料。例如，金絲猴是我國一級保護動物，在我國僅西南部的云南、四川、貴州等省有極少量分布，而且其生活環境處于高山密林之中，地理環境和氣候條件十分惡劣，調查人員見之一面尚且十分困難，遑論取其新鮮組織樣品進行DNA實驗，所以保存在博物館中的金絲猴皮張樣品是十分寶貴的材料。又如，我國灰狼的分布雖然比較廣泛，但隨著人口的大量增長，它們的自然棲息地遭受強烈地破壞，現在已經很難在野外獲取新鮮的灰狼生物學樣本進行研究，而博物館保存的狼皮樣品可以追溯到幾十年甚至上百年前，較長時間的積累使得樣品數量也相對較多，現在也已成為相關研究者的重點關注對象。
針對年代久遠的動物皮張樣品開展的遺傳學研究十分少見，此前沒有合適的DNA提取方法可直接應用，所以尋找適于陳舊皮張材料的DNA提取方法，需要重新設計實驗并進行對比，才能夠利用這些寶貴的動物材料開展基因組范圍的研究。所以我們專門以古DNA實驗室現有DNA提取方法為基礎進行方法改良并設計對比實驗，以確定改良方法的有效性，探索出了一種高效提取陳舊或古代皮張樣品DNA的實驗方法。
本研究比較4種提取方法對陳舊皮張DNA提取的有效性，研究比較了所有方法獲得的DNA產量和內源短序列數、短序列復雜度、短序列末端損傷、短序列平均長度。結果發現，雖然4種方法均能夠有效獲取內源DNA片段，但相比于其他方法，改良的古DNA實驗室方法能夠獲得更多和更好質量的DNA信息。改良的古DNA實驗室方法在獲取陳舊皮張DNA方面有一定優勢。另外，本研究發現影響提取效果的原因主要是第二步純化。研究認為，這種方法值得在博物館保存的陳舊皮張樣品的DNA提取方面進行推廣應用。
應用這一改良的陳舊皮張DNA提取方法，古DNA實驗室已成功獲得6例博物館藏灰狼全基因組信息（Wang et al., 2019）等珍稀保護動物的DNA信息。
本文通訊作者為中國科學院古脊椎動物與古人類研究所付巧妹研究員，第一作者為本所博士張明、高級工程師曹鵬及工程師戴情燕。本研究得到中國科學院戰略性先導科技專項（B類）及國家自然科學基金、鄭州大學的“中華文明根系研究”項目、騰訊科學探索獎、霍華德·休斯醫學研究所的經費支持。
論文鏈接：doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2020.377
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（神秘的地球uux.cn報道）據中新網北京5月20日電（記者 孫自法）：博物館中的動物標本通常是干制皮張標本，而保存時間過久的陳舊皮張中DNA的含量和質量均遠低于新鮮材料，并且包含許多來自于環境的污染。此外，為有效保存，很多皮張樣品經過特殊鞣制處理，這也會極大地影響DNA的保存含量與質量。
對于一些珍稀保護動物甚至已滅絕動物來說，保存在博物館里的標本可能是現在唯一能夠獲得并能開展遺傳學研究的生物學材料，那么，如何獲取這些珍貴樣品中的DNA信息，來開展深入的科學研究？
中國科學院古脊椎動物與古人類研究所(中科院古脊椎所)分子古生物學(古DNA)實驗室付巧妹研究團隊主導，與云南大學、新疆文物考古研究所、大理大學及德國、越南等機構合作，最新完成的“陳舊動物皮張的古DNA提取方法比較的研究”提供了一種可行的方案。該研究表明，改良的古DNA實驗室方法在獲取陳舊皮張DNA方面有一定優勢，這種方法值得在博物館保存的陳舊皮張樣品的DNA提取方面進行推廣應用。
這一古DNA提取方法比較研究的成果論文，近日在專業學術期刊《動物學研究》發表。付巧妹研究員為通訊作者，中科院古脊椎所博士張明、曹鵬高級工程師、戴情燕工程師為共同第一作者。
張明介紹說，針對年代久遠的動物皮張樣品開展遺傳學研究十分少見，此前沒有合適的DNA提取方法可直接應用，所以尋找適于陳舊皮張材料的DNA提取方法，需要在已有方法的基礎上，設計改良實驗并進行對比后，才能探尋出利用這些寶貴的動物材料開展基因組范圍研究的方法。
因此，合作團隊專門以古DNA實驗室現有DNA提取方法為基礎進行方法改良并設計對比實驗，以確定改良方法的有效性，從而探索出一種高效提取陳舊或古代皮張樣品DNA的實驗方法。
本次研究比較4種提取方法對陳舊皮張DNA提取的有效性，研究比較了所有方法獲得的DNA產量和內源短序列數、短序列復雜度、短序列末端損傷、短序列平均長度。結果發現，雖然4種方法均能夠有效獲取內源DNA片段，但相比于其他方法，改良的古DNA實驗室方法能夠獲得更多和更好質量的DNA信息。改良的古DNA實驗室方法在獲取陳舊皮張DNA方面有一定優勢。同時，該研究還發現，影響提取效果的原因主要是第二步純化。
張明說，應用這一改良的陳舊皮張DNA提取方法，中科院古脊椎所古DNA實驗室已成功獲得6例博物館藏灰狼全基因組信息等珍稀保護動物的DNA信息。

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